На дворе неспокойные шестидесятые и мир снова в опасности! Две мировые державы (назовём их просто — Союз Социалистов и Империя капиталистов) стараются доказать друг другу, что они обладают более мощным оружием, чем их оппоненты. И сделать они это хотят крайне странным способом — сбить Луну с орбиты. Разумеется, воинственным генералам невдомек, что без естественного спутника наша планета тоже в скором времени перестанет существовать. И тут-то в игре «CounterSpy» и вступает секретная организация «C.O.U.N.T.E.R», которая не подчиняется никому, а действует в интересах всего человечества. Главным инструментом этой организации станете вы — профессиональный шпион без имени и с маской на лице. Вас будут отправлять в самые секретные военные базы двух сверхдержав, где вы должны будете выполнять самоубийственные задания — воровать коды запуска, устраивать саботаж, портить оборудование и красть координаты. Ваши действия должны помочь скорейшему наступлению мира на планете, ведь если эти две страны не смогут уничтожить Луну, то они прекратят свою гонку вооружений.